Untuk meningkatkan kerjasama dan kekeluargaan  antar sekolah muhammadiyah di Daerah Istimewa Yogyakarta, SMP Muhammadiyah 3 Yogykarta melakukan kunjungan ke SMP Muhammadiyah 2 Paliyan Gunung Kidul. Kunjungan dilaksanakan pada Sabtu, 7 Januari 2012. adapun maksud kunjungan tersebut untuk melihat langsung keberadaan SMP Muhammadiyah 2 Paliyan. Pada kesempatan tersebut SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta memberikan batuan berupa 1 unit komputer, 1 unit printer, 23 stel bahan pakaian seragam muhammadiyah. Bantuan tersebut dimaksud agar SMP Muhammadiyah 2 Paliayan lebih meningkatkan prestasinya sehingga SMP Muhammadiyah 2 Paliyan akan menjadi salah satu sekolah swasta di Gunung Kidul yang menjadi pilihan masyarakat.

alam rangka mengisi liburan dan menumbuhkan rasa cinta tanah air, SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta mempunyai program rutin berupa karyawisata. Adapun tujuan karya wisata untuk tahun 2011 adalah pulau Bali.

Karyawisata tahun ini dilaksanakan pada tanggal 21-25 Desember 2011 yang diikuti oleh 205 siswa dan 70 orang guru/karyawan dengan menggunakan 6 buah bis pariwisata. Banyaknya guru/karyawan yang ikut karena sudah 2 tahun guru/karyawan tidak melaksanakan wisata keluarga, maka demi mengefektifkan waktu disela-sela libur semester 2 maka guru/karyawan diikutsertakan.

Selasa, 8 November 2011 SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta melakukan pemotongan dua ekor sapi yang dilakukan di kampus 1, JL. Piere Tendean No. 19, Yogyakarta. Hal ini rutin dilakukan oleh SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta setiap tahunnya. Daging hewan qurban tersebut akan dibagikan kepada warga yang berada di sekitar sekolah. Selain dua ekor sapi, SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta untuk tahun ini juga membagikan enam ekor kambing kepada para pemohon hewan qurban untuk disalurkan kembali ke daerah-daerah terpencil yang membutuhkan.