"Mewujudkan Siswa Beriman, Disiplin, Terampil

dan Unggul dalam Berprestasi"

Sekolah Menengah Pertama muhammadiyah 3 Yogyakarta yang beralamat di Jalan Kapten Piere Tendean 19 Yogyakarta didirikan oleh Pengurus Muhammadiyah Ranting Notoprajan yang beranggotakan: H. Moh. Djazim; Siraj,M.A; Khamdani; H.Jalal Mas'oed; S.Saring; Mahmud Abdul Gani; H. Marsudi.R.S pada tanggal 14 Juli 1951 dengan nama SMP Muhammadiyah IV Wirobrajan. Sekolah ini dipimpin oleh bapak H. Darwis Syafi'i sebagai kepala sekolahnya, dengan jumlah murid 60 putra dan putri, status sekolah swasta 2. penuh dan memiliki luas tanah 1183 m Pada awalnya sekolah ini bernama SMP Muhammadiyah IV Wirobrajan, karena pada saat itu telah ada SMP Muhammadiyah Putra di Purwodiningratan yang oleh Pengurus Muhammadiyah Bagian Pengajaran diubah menjadi SMP Muhammadiyah I Putra dan telah lahir pula SMP Muhammadiyah II Putri serta SMP Muhammadiyah III Siang di Purwodiningratan.

Sampai dengan tahun 1964 sekolah ini mengalami beberapa kali pergantian Kepala Sekolah. Setelah Bapak H. Darwis Sayi'i berturut-turut yang menggantikan adalah Bapak Suroso, Bapak Zaindun Basyar, Bapak Sarwono, dan Bapak Drs. Moh. Bakir. Pada tanggal 1 Agustus 1959 mulai dirintis pengembangan sekolah dengan menambah ruang kelas dan ruang Tata Usaha sehingga meningkatkan prestasi siswa. Sejak itulah sekolah bersetatus swasta berbantu. Pada tahun 1964 sampai dengan tahun 1972 sekolah semakin berbenah. Di bawah kepemimpinan Bpak Muh. Sumardiyono, Tepatnya tahun 1971 diadakan penertiban sekolah Muhammadiyah oleh Pengurus Muhammadiyah Bagian Pengajaran karena SMP Muhammadiyah III Siang di Purwodingratan sudah tidak ada kegiatan maka SMP Muhammadiyah IV Wirobrajan berganti nama menjadi SMP Muhammadiyah III Yogyakarta.
Tahun 1972-1974 sekolah dipimpin oleh Bapak Drs. Marzuki. Pada saat kepemimpinan beliau sekolah berhasil menambah ruang kelas dan mushola dan pembenahan administrasi sekolah. Pada akhir tahu 1974 Bapak Drs. Marzuki pensiun. Tahun 1974-1980 kepala sekolah dijabat oleh Bapak Mukhtar Hamroni, B.A. Pada saat itu sekolah berhasil ditingkatkan dengan status sekolah swasta bersubsidi .

Pembangunan terus ditingkatkan dengan menambah ruang kelas di lantai 2 berhubung luas tanah yang tidak memadai. Saat itu sekolah memiliki 8 ruang kelas. Tahun 1981-1982 sekolah dipimpin oleh Bapak Drs. Sutadi sebagai pelaksana harian sehubungan dengan Bapak Mukhtar Hamroni, B.A sakit dan tidak dapat menjalankan tugasnya. Pada tanggal 2 Januari 1982 Bapak Suratman, B.A yang semula guru SMP Muhammadiyah II Putri Yogyakarta dilantik oleh Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Majelis Dikdasmen Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta menggantikan Bapak Mukhtar Hamroni, B.A yang meninggal dunia karena sakit. Usaha pengembangan sekolah yang telah dirintis oleh Bapak Mukhtar Hamroni, B.A dan Bapak Drs. Sutadi dilanjutkan oleh Bapak Suratman, B.A. yaitu menyelesaikan pembangunan lantai 2 sehingga seluruhnya berjumlah 11 ruang kelas. Mulai tahun 1984 pembenahan ruang ,peningkatan administrasi dan pembinaan guru karyawan , juga peningkatan kedisiplinan siswa membuat S M P Muhammadiyah 3 Yogyakarta mendapat kepercayaan dari masyarakat sehingga animo masuk SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta meningkat . Pada tahun 1985 sekolah mendapat kepercayaan dari pemerintah sehingga bersetatus Disamakan. Bersama dengan Pimpinan Daerah Muhammadiyah Majelis Dikdasmen beserta IKWAM / Komite SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta dikembangkan terus sehingga pembangunan di lantai 2 dapat diselesaikan berkat bantuan pemerintah dan masyarakat.

Pada tanggal 31 Maret 1991 tanah yang 2 semula seluas 1183 m diperluas dengan 2 menambah 350 m di sebelah timur sekolah. Pada tahun 1992 bangunan bertambah 6 ruang kelas baru. Pada tanggal 14 Juki 1994 bertepatan d e n g a n mi l a d y a n g k e - 4 3 , SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta mendapat limpahan gedung SD Muhammadiyah Suryowijayan yang terletak di Condronegaran 2 seluas 1085 m dengan 5 ruang kelas yang merupakan wakaf dari Ibu Supiyah diberikan oleh Pimpinan Daerah Muhammadiyah Kotamadya Yogyakarta. Gedung tersebut digunakan untuk kegiatan ekstrakurikuler. 2 Pada tahun berikut membeli tanah 1080 m untuk memperluas tanah wakaf, sehingga 2 luas seluruhnya menjadi 2165 m . namun pada tahun 1997 gedung SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta di Condronegaran diminta kembali Pimpinan Wilayah Muhammadiyah dan digunakan untuk Pendidikan Ulama Tarjih.
Pada tanggal 17 November 1995 SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta membeli 2 tanah seluas 1580m di Jalan Ontoseno 3 Wirobrajan yang oleh H. Suratman, B.A beserta BP3/IKWAN akan digunakan menjadi unit II, namun Bapak H. Suratman, B.A meninggal dunia pada tanggal 12 Agustus 1999 karena sakit.

Usaha pembangunan unit II yang telah dirintis oleh Bapak H. Suratman, B.A dilanjutkan oleh Ibu Hj. Suwarti selaku pelaksana harian di SMP Muhammadiyah 3 Yogyakar ta. Pembangunan dimulai September 1999-Juni 2000. Pada tanggal 2 Maret 2000, Bapak Drs. Suprapto yang semula guru SMP Muhammadiyah 2 Yogyakarta dilantik oleh Kandepdiknas dan Pimpinan Wilayah Muhammadiyah
Dikdasmen Propinsi DIY menjadi Kepala SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta. Pada tahun pelajaran 2000-2001 jumlah kelas 1 yang semula hanya 5 kelas ditambah menjadi 7 kelas sehingga jumlah kelas seluruhnya ada 17 kelas. Dari tahun ke tahun animo masyarakat untuk masuk ke SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta semakin meningkat sehingga secara bertahap jumlah kelas selalu bertambah yang akhirnya menjadi 8 kelas pararel atau 24 kelas. Pada masa kepemimpinan Bapak Drs. Suprapto SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta membeli tanah lagi untuk keperluan lapangan 2 olahraga seluas 850 m yang teletak di Gg. Ontoseno Wirobrajan.

Bulan Januari 2006 terjadi rotasi Kepala Sekolah di lingkungan SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta . Ibu Heriyanti, S.Pd. yang semula guru di SMP ini dilantik Dinas Pendidikan Kota Yogyakarta menjadi Kepala Sekolah menggantikan Bapak Drs. Suprapto yang dipindah ke SMP Muhammadiyah 2 Yogyakarta. Sejak kepemimpinan Ibu Heriyanti, S.Pd. prestasi sekolah maupun kedisiplinan semakin meningkat sehingga pada tanggal 25 Agustus 2008 SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta telah mendapat sertifikat sebagai Sekolah Standar Nasional (SSN). Begitu juga dengan pengembangan sarana prasarana semakin ditingkatkan diantaranya pemasangan LCD di seluruh ruang kelas, tersedianya hotspot area di unit 1 maupun unit 2, pembangunan sarana ibadah dan laboratorium IPA di unit I 2 lantai 3 seluas 570 m , pembangunan ruang kelas IT.
Prestasi yang diraih oleh sekolah selama kepemimpinan Ibu Heriyanti, S.Pd.,M.M. sangatlah banyak, baik di bidang akademis maupun bidang non akademis antara lain: juara Nasional Karya Ilmiah Remaja atas nama Nur Amin dan M. Nirwan dengan karyanya “Knalpot Zeolit”, sebagai juara futsal se-Jawa yang diselenggarakan oleh Yayasan Muhammadiyah bekerja sama dengan British Council dan mengantarkan 2 siswa serta Kepala sekolah ke Inggris pada 13-21 Mei 2008, Juara Perpustakaan terbaik tingkat Kota Yogyakarta tahun 2008, Juara Koperasi Siswa terbaik tingkat Kota Yogyakarta ,mengantarkan siswa atas nama Muh. Ikhsan sebagai peraih NEM UNAS 2008 tertinggi se-DIY dengan nilai rata-rata 9,93,sedang kan pada UNAS 2009 SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta meluluskan 99,6% dengan predikat A peringkat 1 se-Kota dan se-DIY untuk sekolah Muhammadiyah. Dengan sistem baru dan kebijakan baru mengenai UN tahun 2009/2010, adanya Ujian Nasional Ulangan, sekolah hanya dapat meluluskan 89,9 % dan dari yang belum lulus Alhamdulillah ikut ujian penyetaraan.

Prestasi lain yang diraih SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta dapat mengantarkan Kepala Sekolah (Heriyanti,S.Pd, M.M) sebagai juara Kepala Sekolah Berprestasi Tingkat Propinsi dan maju ke Tingkat Nasional, dan pada tutup tahun pelajaran “Perpustakaan Sekolah” kembali berprestasi sebagai Juara II Tingkat Propinsi untuk Lomba Perpustakaan SMP/MTs Negeri dan Swasta, serta masih banyak prestasi lain yang tidak dapat dijelaskan satu persatu.

Pada tahun pelajaran 2010/2011 SMP Muhammadiyah 3 Yogyakar tamenerima peserta didik baru sebanyak 8 kelas melalui RTO 3 kelas dan jalur reguler 5 kelas, alhamdulillah terpenuhi, dan pada awal tahun pelajaran 2010/2011 akan diresmikan Lab. IT, Lab. Bahasa Sistem Daynet bekerjasama dengan Higher Learning Jakarta b e r t e p a t a n d e n g a n Mi l a d SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta ke-59, mohon do’a semoga sejahtera dan sukses...!!!